La novetat temàtica del museu se centra en dos conceptes bàsics: transport i territori. Unificar ambdós conceptes i conjugar estos valors històrics és l'objectiu principal del futur Museu del Transport i del Territori de la Comunitat Valenciana.

Transmetre el coneixement d'esta parcel·la de la nostra Història amb la intenció pedagògica de revalorar este llegat patrimonial és la seua missió. Podem concretar esta missió a través dels distints objectius a desenvolupar en el Museu:

• Difondre la història dels transports: els seus orígens, la seua constant evolució, la seua influència en el desenvolupament de la societat la Història.
• Preservar i conservar el patrimoni relacionat amb la història dels transports en l'àmbit de la Comunitat Valenciana, sobretot pel que fa a tot tipus de vehicles.
• Recuperar i propiciar el retorn a la Comunitat Valenciana de qualsevol element relacionat amb el transport i el territori de la mateixa que per les circumstàncies que anara es troben fora del seu àmbit.
• Donar a conéixer el territori com un llegat històric construït i organitzat per la societat que ho habita i amb la finalitat de comunicar-se.
• Potenciar la valoració d'este territori construït com a patrimoni històric i cultural de tots els ciutadans.
• Mostrar la constant interacció entre l'evolució tecnològica de vehicles i carreteres o vies.
• Informar sobre la influència de les noves tecnologies, energies i tècniques constructives aplicades a l'enginyeria civil.
• Mostrar les intenses relacions que des de l'Antiguitat hi ha hagut entre transport i activitat econòmica, la seua dimensió cultural, social, política i ideològica.
• Donar a conéixer les més importants obres d'infraestructures realitzades des de l'Antiguitat fins als nostres dies.
• Fomentar la investigació històrica sobre el món del transport i del territori.